Хто сховався у столичному метрі?

Українські вчені провели масштабне дослідження мікроорганізмів київської підземки

Цю роботу було проведено в межах найбільшого у світі метагеномного дослідження міських мікробіомів, що є у повітрі й на поверхнях, до яких торкаються люди, повідомляють в Інституті молекулярної біології та генетики, котрий брав активну участь у дослідженні. Керівником проєкту від України є молодша наукова співробітниця ІМБГ Аліна ФРОЛОВА з групи системної біології.

Проєкт мав на меті секвенування та аналіз зразків, зібраних із систем громадського транспорту та лікарень. Він містить анотацію всіх ідентифікованих мікроорганізмів, а також тисяч вірусів і бактерій та двох архей, яких не знайдено у жодних базах даних. Проєкт розпочався у 2013 році, коли учений Крістофер Мейсон почав збір та аналіз зразків мікробів у метрополітені Нью-Йорка. У 2015 році з ініціативи вченого було створено Міжнародний консорціум MetaSUB. Київ приєднався до проєкту в 2017 році.

Кожного року 21 червня MetaSUB проводить глобальний збір зразків по всьому світі (Global City Sampling Day). Зразки збирають за допомогою стерильних свабів, що не містять ДНК і РНК, і відправляють до лабораторії WCM для централізованого виділення генетичного матеріалу і секвенування разом із позитивним та негативним контролями. Повногеномне секвенування дозволяє дослідити весь склад організмів, генетичний матеріал яких потрапив у зразок, що якраз і є об’єктом дослідження метагеноміки. Завдяки дослідженню сформовано перший у світі систематизований каталог міської екосистеми мікроорганізмів. А загалом такі дослідження мають потенціал у галузі розробки нових ліків.

«Так, у київському метро ми виявили дуже типового представника шкірної мікрофлори людини — сutibacterium acnes, що в нормі зазвичай спостерігається у здорових людей, — розповідає Аліна Фролова. — Ця бактерія входить до складу основних 31 видів, знайдених у всіх 60 містах, і ще раз свідчить про величезний вплив людини на міське середовище. Однак виявлено й види, які унікально характеризують київське метро, наприклад, Mycobacterium sp. VKM Ac-1817D — бактерія, вперше секвенована в 2015 році. Це непатогенна мікобактерія, що може здійснювати деструкцію природних стеринів з утворенням андростанів, які є ключовими проміжними речовинами для синтезу фармацевтичних стероїдів. Це не значить, що ця бактерія присутня у великих кількостях або ми одразу можемо її використати з біофармацевтичною метою, однак пошук і виявлення нових бактерій зі схожими властивостями мають величезний потенціал».

За матеріалами Інституту молекулярної біології та генетики